Licencja na program podlega amortyzacji. Podstawę w tej materii stanowią przepisy ustawy o
podatku dochodowym od osób fizycznych, jak i ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych
a które to definiują wartości niematerialne i prawne. Autorskie lub pokrewne prawa majątkowe,
licencje, prawa do: wynalazków, patentów, znaków towarowych o przewidywanym okresie używania
dłuższym niż rok i o wartości przekraczającej 3,5 tys. zł podlegają amortyzacji, ponieważ z każdym
oprogramowaniem związana jest licencja albo umowa przenosząca prawa autorskie. Składniki
majątku, których wartość początkowa jest wyższa niż 3,5 tys. zł, wprowadza się do ewidencji
środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych najpóźniej w miesiącu przekazania ich
do używania.
Podatnicy mogą nie dokonywać odpisów amortyzacyjnych od praw uzyskanych z tytułu licencji,
których wartość początkowa nie przekracza 3,5 tys. zł. Wydatki poniesione na ich nabycie stanowią
wówczas koszty uzyskania przychodów w miesiącu oddania ich do używania. W takim przypadku
program komputerowy traktowany jest, jakby nie był wartością niematerialną i prawną. Jednak
trzeba podkreślić, że podatnik może go amortyzować jak wartość niematerialną i prawną.
NSA w wyroku z 17 grudnia 2003 r. (sygn. akt SA/Sz 833/03; niepublikowany) podkreślił, że
zasadniczym warunkiem dokonywania odpisów amortyzacyjnych jest faktyczne wykorzystywanie
przedmiotu amortyzacji na potrzeby związane z prowadzoną działalnością gospodarczą. Generalną
zasadą jest, że do kosztów uzyskania przychodów zalicza się koszty poniesione w celu uzyskania
przychodów, a więc w toku aktywnej działalności w obrębie danego źródła przychodu.